Если речь идет о теплых климатических зонах — можно, но нужно понимать, что для обслуживания скважины, высота потолка такого помещения должна быть не менее 3-х метров, либо придется делать съемную крышу.
Если грунт не промерзает никогда — водопровод можно тянуть от дома практически по поверхности — на глубине 20-30 см.
Если же в зимний период морозы все-таки возможны — помещение над скважиной, как минимум, не рентабельно — ведь его придется отапливать. Да и фундамент (хоть какой-то) устраивать придется.
В любом случае, если над скважиной что-либо построено на поверхности, ремонт скважины, как минимум, будет сильно затруднен, а чаще всего просто невозможен, поскольку для ремонта в большинстве случаев нужен свободный доступ к стволу скважины и возможность подъезда тяжелой буровой установки.