На бурение неглубоких фильтровых (песчаных) скважин никаких ограничений нет. Если вы решили бурить глубокую, свыше 100 метров (артезианскую скважину, да еще для коммерческого использования), то вам потребуется лицензия на природопользование.
Для бытовых нужд, скважины до первого водоносного горизонта не требуют никаких разрешений и согласований. Но, если Вы бурите скважин в городской черте, и не уверены, что под землей на месте бурения нет никаких коммуникаций, то в любом случае бурение скважины лучше всего согласовать с организациями, чьи сети и коммуникации могут проходить по вашему участку (горгаз, водоканал, тепловые сети, электросети, связисты и т.д.).
Ответственность за повреждение всех подземных коммуникаций лежит на Заказчике, то есть на Вас!