Существенный минус колодцев – зависимость от осадков. Все колодцы питаются от верховодки. Если будет жаркое лето, то уровень воды в колодце может упасть очень значительно. Так же присутствует возможность наткнуться на плавун (жидкий мелкий песок). Если это случилось, то колодец будет заплывать, а использовать насос будет невозможно.
К слабым местам всех колодцев относится герметизация стыков железобетонных колец. В результате их протекания возможно попадание в воду вредных и опасных для здоровья загрязнений. В колодцы очень часто попадает грунтовая вода, содержащая стоки с выгребных канализационных ям. Сточные воды ям смешиваются с водоносным слоем, из которого подпитываются колодцы.
Раньше, в старину, когда химии не было, все загрязнения носили биологический характер и легко очищались посредством естественной фильтрации, проходя через слои грунта. Сегодня никакой грунт не способен очистить воду от современной химии из стиральных порошков, удобрений, дорожной химии.